La custodia del territorio es una herramienta de gestión del territorio para fomentar, entre propietarios y entidades de conservación, la protección de valores naturales, culturales y del paisaje.
La FVSM, desde su creación, ha sido pionera en la custodia del territorio en Baleares. Lideró la constitución del ICTIB (una red de entidades que promueven la custodia del territorio en las Illes Balears); y asumió desde sus inicios los acuerdos con fincas que la BVCF había establecido para proteger los últimos nidos de buitre negro a finales de los años ochenta, además de promover nuevos. Actualmente son cinco los acuerdos de custodia vigentes entre propietarios y la FVSM, y suman más de 5.000 hectáreas en la Serra de la Tramuntana.
Entre la FVSM y los propietarios se vela por la protección de las parejas reproductoras de buitre negro y otras especies protegidas. En algunas fincas, además, se cogestionan muladares, donde los ganaderos autorizados pueden dejar los animales muertos para apoyar a la alimentación de especies carroñeras. La FVSM realiza trabajos de campo y asesora a las fincas con el fin de conseguir una gestión que favorezca la conservación del medio natural, así como los valores culturales y tradicionales locales.
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